ガリアから王都へと帰還したフェイトは、
聖騎士であるアーロンの養子としてバルバトス家の家の督継いだ。
この地位を使い、今までの『持たざる者』が不当に貶められる世界を少しでも変えるためだ。
そんな中、フェイトの因縁の相手ブレリック家が何か良からぬことをしているとの話を聞き、
調査へと彼らの住む屋敷へと向かうのだが……
そこでフェイトが目にしたものは、身の毛もよだつ人体実験の現場であった――。