防衛隊立川基地が怪獣の群に空から襲われたが、隊員たちの尽力により余獣たちを退け始める。一方保科は、戦力全解放して大怪獣に応戦。決着がついたかに思われたが、大怪獣に変化が…!? そしてカフカの察知能力も「それ」に反応。そこに現れたのは…!? ──“脅威”が続く、第四巻!!