Shinichi Kudozu, seorang pelajar Tahun 2 Sekolah Menengah Teiten telah membantu polis dalam beberapa kes yang sukar diselesaikan. Suatu hari, Shinichi mengikuti dua orang lelaki ganjil sedang melakukan urusan jenayah namun akhirnya Shinichi tertangkap dan dipaksa menelan sejenis racun yang mengubah bentuk badannya kepada seorang kanak-kanak. Hanya Dr. Agasa sahaja yang tahu keadaan sebenar. Kawan baik Shinichi, Mou Ri Ran seorang pelajar di sekolah yang sama mengambil Sinichi yang kini memakai nama Edogawa Conan untuk tinggal bersama-samanya dan usaha untuk mencari siapa dalang disebalik masalah ini bermula. Dalam masa yang sama, Conan membantu Detektif Mouri Kokorou menyelesaikan kes. Ran mula risau kerana Sinichi tidak pulang ke rumah dan pergi ke sekolah. Suatu hari, Sinichi menghubungi Ran dan memberitahu beliau sedang menguruskan hal sulit dan berjanji akan menceritakan segalanya.
